올해 6월에 발표된 보건복지가족부(이하 복지부)의 약학대학(이하 약대) 390명 증원과 관련해 전국 약대가 반대 입장을 표명하고 나섰다.
 복지부는 82년 이후 동결된 약대 정원을 2011학년도부터 현 1,210명에서 1,600명으로 증원하기로 하였다. 제약산업에서 활약할 전문연구인력을 대학에서 양성․배출하고 약대 6년제 시행에 따라 09~10년 약대 신입생을 선발하지 않게 되면서 발생한 일시적인 약사부족 인력을 수급하기 위함이다. 이에 따라 그동안 약대가 없었던 대구, 인천, 경남, 전남, 충남의 5개 시․도는 각각 정원 50명씩 배정하여 약대를 신설할 수 있게 되었다. 그리고 정원이 부족한 것으로 파악된 경기(100명), 부산(20명), 대전(10명), 강원(10명) 지역에 잔여 정원이 배정되었다.
 이에 우리 학교를 포함한 기존의 약대에서는 ‘지역별 약사수급 균형을 무시하는 처사’라며 반발하고 나섰다. 약대 학생들은 현재 수업거부 상태이다. 약대 학회장 한재민(약학과․07) 학생은 “전남지역에는 이미 광주를 연고로 하는 전남대와 조선대에 약대가 있음에도 불구하고 광주를 제외한 전남지역에 약대를 유치하려하는 것은 정치권의 입김이 작용한 것”이라고 주장했다. 이 학생은 대구와 경기도도 같은 논리라고 일축했다. 또한 이번 증원안이 6년제를 준비하는 약대의 최소정원을 전혀 고려하지 않은 정책이라고 불만을 표시했다. 현재 약대는 기존의 4년제를 6년제로 늘리는 학제를 추진하고 있는데, 지금의 정원으로는 6년제를 시행했을 때 제정상의 어려움이 증폭된다고 한다.
 복지부가 추진하는 계약학과와 정원 외 입학에 대해서도 논란이 일고 있다. 약대에 설립 예정인 계약학과는 제휴를 맺은 제약회사 측의 일반사원을 재입학시켜 교육을 실시하는 재고용형 입학 전형이다. 그리고 정원 외 입학은 입학 성적 외의 다른 기준을 적용하여 말 그대로 ‘정원 외’로 선발하는 방식이다. 학생회측은 이에 대해 계약학과는 정부의 독단에 기초한 편법적인 증원이며, 기부입학과 같은 폐해를 불러올 수 있다며 반대하는 입장이다. 또한 정원 외 입학에 대해서는 기존의 고정된 정원을 무시하고 무분별하게 부풀려서 필요 이상의 약사를 배출하게 한다며 우려의 목소리를 냈다. 한재민 학생은 “계약학과를 도입하는 것은 PEET(약학대학 입문자격 시험)를 치루는 기존의 대학생들과 계약학과 입학자 사이의 불공평한 경쟁이 될 수 있다”라며 “전국 약대측은 복지부의 정원증원 정책의 완전 철회 또는 협의를 통한 재추진을 요구한다“라는 입장을 밝혔다.