일부 선거본부(이하 선본)가 입후보자 등록 서류 중 학생회비 납부증명서(이하 납부증명서)를 제출하지 않았다는 사실이 뒤늦게 밝혀졌다.
 후보자 등록기간인 지난 주, 총학생회 후보 중 A선본이 납부증명서를 제출하지 않았다는 의혹이 처음 제기되었다. 이후 중앙선거관리위원회(이하 선관위)측이 확인하는 과정에서 몇몇 선본들 또한 납부증명서를 제출하지 않았다는 사실이 밝혀지자 우리학교 다음(Daum)카페 등에서는 논란이 일기도 했다. 이에 선관위 측은 지난 7일 비상회의를 소집하고 입후보한 선본들과 대책을 강구한 결과 납부증명서를 제출하지 않은 선본에게 경고 1회와 주의 1회를 주었다.
 선거시행세칙 제7조 입후보자 등록 1항 9호에 따르면 학생회비 납부증명서는 입후보자 등록에 필요한 서류라고 명시되어 있다. 입후보자 등록기간이 끝난 후에 등록 서류 미제출에 관한 문제가 생긴 것은 이번이 처음이다. 또한 선거시행세칙에는 이번 사태와 같은 일이 벌어질 경우 어떻게 해야한다는 규정이 없어 비상회의를 통해 여러 선본과 의견을 나눈 끝에 이 같은 조치를 택했다고 선관위 측은 밝혔다. 선관위 강용환(토목공학과·03)위원장은 이와 같은 일이 다시는 일어나지 않도록 학생과 측에 학생회비를 상시 납부할 수 있게끔 제도 변경을 건의할 것이라고 전했다. 또한 "선거시행세칙을 총학선거와 단대선거 실정에 맞춰 개정하여 차기 총학생회에게 인계할 것"이라고 말했다. 이번 사태와 관련된 공고문은 신학생회관 내 게시판 등에서 확인할 수 있다.
 한편, 선관위 측은 무효투표와 유효투표에 대한 추가규정을 담은 선거시행세칙을 지난 달 22일 개정한 것으로 알려졌다.